Het lukte de moslimorganisaties dus niet om in de jaren ’90 binnen de Raad van Moskeeën om tot een duurzame en structurele samenwerking en een vertegenwoordiging van de moslims in Nederland te komen.  Deze vertegenwoordiging van de moslimgemeenschap was echter wel van belang om te kunnen komen tot een samenwerking met en belangenbehartiging bij de Nederlandse overheid. Denk hierbij aan onderwerpen als geestelijke verzorging, omroepen, godsdienstonderwijs op openbare scholen, maatschappelijke beeldvorming, rituele slacht, etc.

In 2001 deed zich een incident voor waardoor het belang van vertegenwoordiging nogmaals duidelijk werd. Naar aanleiding van een uitspraak van een imam over homoseksualiteit ontstond er ophef en werd een overleg gepland tussen de toenmalige minister van Boxtel (D66) voor integratie en grotestedenbeleid met meer dan 50 vertegenwoordigers vanuit de moslimgemeenschap. Tijdens het overleg kwamen zowel de vertegenwoordigers als de minister tot de conclusie dat de huidige samenwerking tussen de overheid en moslims niet praktisch en werkbaar was.

Daarom werd tijdens de bijeenkomst afgesproken dat de moslimorganisaties zouden gaan samenwerken om te komen tot een betere vertegenwoordiging van de moslimgemeenschap in Nederland. Daarom werd de stuurgroep (bestaande uit 6 moslimorganisaties) ‘Islam en Burgerschap’ in het leven geroepen om de landelijke samenwerking vorm te geven. De uitwerking en haalbaarheid van de landelijke samenwerking werd vervolgens onderzocht door o.a. KPMG. In 2004 was het zover. Tijdens een plechtige bijeenkomst in Rotterdam (Mevlana Moskee) heeft de toenmalige minister Verdonk (VVD) het CMO erkend als formele gesprekspartner. Later is deze ‘erkenning’ voortgezet door de ministeries van Justitie en Defensie. Sindsdien voert het CMO periodiek overleg met politiek en overheid over actuele kwesties die relevant zijn voor (de belangenbehartiging en emancipatie van) moslims in Nederland en hieruit volgend ontplooit zij ook verschillende projecten en activiteiten.

Het CMO (waarbij een tiental moskeekoepels zijn aangesloten) heeft met een achterban van 560.000 moslims, het grootste bereik heeft bij de moslims in Nederland. Het CMO heeft in haar eerste jaren een onmisbare rol gespeeld in de organisatie van islamitisch geestelijke verzorging in gevangenissen, het leger en in het islamitisch godsdienstonderwijs op openbare scholen. Ook heeft zij structureel een bijdrage geleverd aan de interreligieuze dialoog in Nederland vanuit het CAIRO-overleg.

Het CMO had in haar beginjaren graag sterker en slagvaardiger opgetreden namens de moslims bij de politiek en de overheid. Echter was het vermogen en de slagkracht van CMO te beperkt doordat zij te afhankelijk waren van de overheid. Aan het einde van het jaar 2011 heeft hierin een belangrijke ontwikkeling plaatsgevonden. Met succes heeft het CMO een onmisbare rol vervuld om het verbod op het niet verdoofd ritueel slachten tegen te houden. Voor het eerst is er in Nederland gesproken over de invloed van een islamitische lobby. De meerwaarde van CMO – met name haar onmisbare rol als belangenbehartiger bij overheid en politiek – kwam hierdoor steeds beter uit de verf. Sindsdien voorzien de lid organisaties van het CMO zelf in de middelen die CMO nodig heeft om te functioneren als belangenbehartiger bij overheid en politiek. Het vermogen en de slagkracht van CMO kunnen nog altijd beter. Daarom zijn we elke dag bezig met onze verdere professionalisering.